Pour John Dayal, le gouvernement fédéral indien « fait usage de la massue à l'encontre de la société civile » : il « semble vouloir suffoquer les voix critiques provenant de la société civile et qui s'élèvent sur des questions telles que la torture, la liberté religieuse, la peine de mort, les exercices militaires dans le nord-est du pays », analyse-t-il.
Pour ce faire, il utilise « la menace d'annuler la licence qui permet aux ONG, et en particulier aux groupes religieux de tous les credo, de mener leurs projets – en grande partie dans les secteurs de l'instruction et de la santé – grâce aux aides financières étrangères ».
Il vient en ce sens d'émettre de nouvelles ordonnances qui « de facto empêchent le financement provenant de certaines agences européennes et américaines ».
Concrètement, les groupes indiens doivent obtenir une autorisation préalable de la part du Ministère de l'Intérieur, ce qui complique et retarde fortement les procédures. Cette mesure a créé la panique parmi les ONG, qui risquent la faillite.
Selon la même source, parmi les organismes « bloqués », se trouve Cordaid, organisation catholique néerlandaise, coupable d'avoir versé des fonds à des ONG indiennes qui réclament l'abrogation de la Loi sur les pouvoirs spéciaux des forces armées, responsables de violations des droits humains au Kashmir et dans le nord-est de l'Inde.
Le gouvernement indien justifie de tels actes au nom de la transparence et de la « sécurité nationale ». Mais, selon les experts, « il n'existe pas de réelles craintes en matière de criminalité ou d'infiltrations terroristes ». John Dayal voit dans ces mesures « une concession à la droite hindouiste qui accuse l'Occident de financer les conversions au christianisme »
Toujours selon Fides, les principaux destinataires de donations et de projets de développement gérés par les églises, les groupes catholiques et protestants, les associations et les ONG sont en grande partie les communautés pauvres et marginalisées, les populations tribales et les dalits, ou encore les victimes et les évacués des violences antichrétiennes en Orissa.
L’Inde bénéficie de plus de 2 millions d'ONG dont 38.436 enregistrées au niveau fédéral, parmi lesquelles 21.508 reçoivent des contributions de l'étranger. Le gouvernement a déjà révoqué 4.300 licences d'autant d'ONG.
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