Depuis 1614, un décret interdisait le christianisme au Japon: la pratique religieuse des chrétiens était réprimée, les missionnaires devaient quitter le pays. Les chrétiens qui avaient hébergé des prêtres clandestinement étaient brûlés.
Le shogun Tokugawa, en quelque sorte un Premier ministre qui exerçait le pouvoir, au nom de l'empereur, avait en effet décidé d'expulser tous les missionnaires, pour des raisons économiques et politiques. Il était lassé des querelles commerciales entre puissances navales européennes, et il craignait l'affaiblissement du pouvoir des bonzes.
Certains missionnaires comme le franciscain espagnol François Galvez et le jésuite sicilien Jérôme De Angelis, dont Simon Yempo était un disciple, décidèrent de demeurer au Japon, clandestinement. Déguisé en marchand, le jésuite poursuivit son apostolat dans la région de Nagazaki.
Simon Yempo, qui était un moine bouddhiste, avait découvert le Christ et il avait embrassé la foi chrétienne. Après son baptême, il était devenu catéchiste laïc et religieux jésuite.
En 1623, le shogun fit arrêter, sur dénonciation d'un apostat, un Japonais qui avait abrité le père De Angelis. Ce dernier vint se constituer prisonnier, avec le catéchiste Simon Yempo, afin de faire libérer le Japonais. Il furent à leur tour jetés en prison. Le père Jérôme continua d'y anoncer l'amour du Christ et il baptisa même des compagnons de cellule.
Le 4 décembre 1623, après avoir assisté à la mise à mort de 47 condamnés, il fut conduit au bûcher.
Simon Yempo périt aussi par le feu à Edo (Tokyo), victime, comme le pères François Galvez et Jérôme De Angelis, de cette grande persécution qui fit entrer l’Eglise du Japon dans les catacombes durant plus de deux siècles, jusqu'en 1865.
Il a été béatifié par le bienheureux pape Pie IX en 1867 avec 204 autres martyrs du Japon de 1617 à 1657.
A Rome, en 1846, une première évaluation établira une liste de 1450 martyrs. En tout, plus de 3.000 chrétiens périrent dans les supplices, 874 autres en prison ou des suites de leur emprisonnement.
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