Ce Salésien de Don Bosco a été béatifié par Jean-Paul II à Varsovie, parmi les 108 martyrs polonais de la persécution nazie.
Pour Joseph Kowalski, la dévotion à Marie était un chemin irremplaçable vers la sainteté : il y sera fidèle jusqu’au bout. Déjà, en 1930, il écrivait dans son journal spirituel : « Souffrir et être méprisé pour Toi, Seigneur. Avec une pleine connaissance et une volonté pleinement décidée et prête à toutes les conséquences, j’embrasse la douce croix de l’appel du Christ et je veux la porter jusqu’à la fin, jusqu’à la mort ».
Il était secrétaire de l’Inspection salésienne de Cracovie, vouée à la pastorale des jeunes. Son rayonnement apostolique et spirituel le désignait comme dangereux pour l'Occupant. Après son arrestation, le 23 mai 1941, il fut déporté au camp de concentration d’Auschwitz. Il y subit de longues souffrances et des humiliations. Le 4 juillet, il refusa de profaner le chapelet et fut assassiné pour cette raison par les gardes du camp.
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